体内時計はのからだのなかで次のような経路で機能します。まず最初に、目からはいった光の情報を一番最初に受けるのが脳の奥深くにある視交叉上核というところで、ここに体内時計があります。この視交叉上核の指令で、夜になると、メラトニンを分泌させ、朝になったらセロトニンを分泌させます。

さらに、この視交叉上核はからだの内臓や皮膚にある体内時計に時間の指令を伝達します。それによって、朝になったから起きろ、夜になったから寝ろという信号をからだに伝えていくわけです。視交叉上核の重要な働きは概日リズムをつくることです。

網膜で受けた太陽の光の情報を受けて体内時計を地球の1日のリズムに同調させるのです。また、この光の刺激は通常電灯の明かりでは代用できないのが特徴です。